紧紧围绕我省水资源、水生态和水环境等方面的问题，以“永葆一湖清水”为目标，开展基础理论和应用技术研究，探讨河流、湖泊、湿地水生态环境演变规律，揭示河流、湖泊、湿地水质和生态系统变化的产生机理，研发水生态水环境保护修复与治理的新技术、新材料、新工艺、新产品，为合理开发利用、保护河流、湖泊和湿地资源，改善其生态环境提供理论依据和技术支撑。
围绕湖泊富营养化，开展水生态环境监测，研究湖泊水生态环境变化规律，深入研究水生态系统的结构、功能和演替规律，认识湖泊水体生态系统内部物理、化学、生物过程，探索湖泊富营养化机理及其响应机制。开发多种蓝藻毒素吸附去除技术，重点研发低营养富铁铝的改性红壤，改善蓝藻水华水体环境，保障饮用水和水产品等的健康安全；开展环境新型污染物的迁移转化、生态效应研究及去除技术研发；开展水生植物种质资源收集、移栽、育种等工作，研发水生植物、水生动物、底栖动物等系统的水生态修复技术。
围绕湖泊湿地，研究湖泊富营养化对水生植物群落格局的影响，探讨水生植物多样性对生态系统稳定性、弹性及恢复的影响过程，研究水生植被群落功能格局、功能多样性关系的变化规律。开展鄱阳湖湿地生态与水文情势相互影响机制研究，探讨水文情势对湿地植被与生态系统功能的级联影响过程，揭示鄱阳湖水文情势影响湿地植被及生态系统功能的关键生态过程。
同时，中心不断巩固和拓展国内合作领域，与中科院水生生物研究所、水土保持研究所、河流湖泊研究所、地理科学与资源研究所、中国水科院、南京水科院、长江科学院、长江勘测规划设计研究院、清华大学、河海大学、武汉大学、华中农业大学等一大批高校、科研院所建立了合作机制，开展了科研合作和人才联合培养。从2014年开始，中心设立了开放基金，每年投入100余万元，资助国内外青年学者围绕鄱阳湖流域的治理与保护问题开展研究。
