水资源与水生态环境研究所成立于2021年1月。部门主要聚焦水资源与水生态环境领域，开展水资源配置与高效利用、河湖生态保护与治理等基础研究与模型研发；承担水资源调查评价、水资源配置与利用、水资源管理与保护、水生态环境监测评估、流域生态保护规划与方案及水生态保护修复与治理等技术服务；提供水资源管理以及河湖长制等技术支撑。荣获“全国水利系统先进集体”“中国节水奖先进集体”“省级青年文明号”等荣誉称号，持有水资源论证、水文水资源调查评价两项行业甲级资质及AAA+信用等级。
该所集“创新、服务、管理、科普”四位一体，是江西省鄱阳湖流域生态水利技术创新中心、江西省节水技术创新中心等省厅级创新中心的依托部门，并承担水利部鄱阳湖水资源水生态环境研究中心、长江技术经济学会科普工作委员会、江西省水利学会水文与水资源专业委员会、河湖长制专业委员会的技术支撑职能，致力于为水资源节约集约利用、河湖生态保护治理和区域水安全保障提供坚实的科技支撑。
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