实验室自筹建以来，硬件条件逐步得到完善，现拥有科研实验楼一栋，建筑面积约1400m²，拥有样品前处理室、常规理化分析室、小型仪器室、纯水室、高温室、常温样品保存室、晾晒室、多个大型仪器室、藻种库和室外试验场等单元，室内实验室有检测仪器近百台（套），拥有电感耦合等离子体质谱仪（ICP-MS）、气相色谱仪（GC）、液相色谱仪（HPLC）、离子色谱仪（IC）、元素分析仪、总有机碳分析仪（TOC）、全自动间断化学分析仪、藻类荧光定量分析仪、Zeta电位仪、酶标仪、光合仪、多通道土壤呼吸仪、植物根系生长检测系统、叶面积仪、冷冻干燥机等十余台/套大型仪器设备（20万以上），目前依托实验室开展水生态环境检测，可检测各类生态环境指标（包括地表水和饮用水环境检测、藻类生态指标检测、沉积物和植物生态环境检测等）百余项。室外试验场包括水生态修复技术集成示范区、污水处理厂尾水净化示范工程、水生植物水生态修复技术展示区、藻类控制湖库原位试验区、新型污染物试验研究场、湿地植物实验大棚、中尺度水位波动实验平台等。随着实验室平台建设的逐步完善，实验室在水资源、水生态、智慧水利等方面的科研能力和综合实力得到显著提升，为实验室产出高水平科研成果提供了基础保障。