中心拥有鄱阳湖模型试验研究基地（共青）、江西水土保持生态科技园（德安）、鄱阳湖水文生态监测研究基地、江西省灌溉试验中心站研究基地等，具备良好的的试验条件和完备的基础设施。近年来，已有中国科学院南京地理与湖泊研究所、南京水利科学研究院、长江科学院、武汉大学、河海大学、华中农业大学等科研机构、高校依托四大基地开展了近50项国家重点研发项目、国家自然科学基金项目等研究，中心20万元以上的大型仪器设备共计30台，均已在江西省大型科研仪器开放共享服务平台开放共享服务。
1、科研基地方面：
（1）鄱阳湖模型试验研究基地位于九江市共青城市，占地面积500亩，分模型试验区和学术交流区两个功能区。模型试验区是基地的主体功能区，主要建有湖区模型、枢纽模型和河道模型，湖区模型占地6万平方米，枢纽模型占地2万平方米；学术交流区布置科研综合楼、专家公寓等配套设施。
（2）江西水土保持生态科技园位于九江市德安县，占地面积1200亩，分科研试验区、推广示范区、生态修复区和科普展示区四个功能区，建有人工模拟降雨大厅、坡耕地土壤水量平衡试验区、综合实验楼、水保科普馆、学术交流中心及近200个试验观测小区。
（3）鄱阳湖水文生态监测研究基地位于九江市都昌县的鄱阳湖中心的岛屿上，占地面积280亩，建有野外监测系统、实验研究系统、支撑保障系统等设施。
（4）江西省灌溉试验中心站研究基地位于南昌市南昌县，占地面积70亩，建有水田、旱作、果树、水质水环境、生态沟、塘堰湿地等试验区。
2、试验设施设备方面：
（1）防洪减灾与水工程安全方面：拥有实验室面积2480m2，配置有地质雷达、高密度电阻率探测仪、地震仪、压汞仪、微观孔隙结构分析仪等仪器设备600余台（套），34大类92类产品639个参数通过资质认定。在鄱阳湖模型试验基地建设了无人机综合验证场，配有超高规格无人机飞行跑道，规模248m×15m；与中国科学院地理科学与资源研究所及共青城市人民政府共同组建了无人机遥感应用科技创新基地，基地成为中国科学院无人机综合验证基地和国家重点研发计划鄱阳湖无人机组网监测应用示范基地，成功纳入中科院野外试验站体系；构建了无人机组网观测体系和管控平台及无人机遥感大数据汇聚与管理应用平台。
（2）水土流失防控与治理方面：拥有土化实验室、组培实验室、生化实验室、综合实验室等实验室1200m2；大型坡耕地土壤水量平衡区、人工模拟降雨实验室等专业实验室5000m2 左右；配备了稳定同位素质谱仪、全自动间断化学分析仪、EyeTech土壤颗粒粒度粒型分析仪、15BAR压力膜仪等先进的仪器设备517台/套，主要涉及到气象试验观测设备、土壤墒情试验观测设备、径流泥沙试验采集设备、常规试验仪器设备以及其他设备等，且大部分实现了数据的全自动接收和采集。
（3）水资源与水生态环境方面：实验区总面积约1730m2，现有紫外分光光度计、液相色谱仪、多参数水质分析仪、总有机碳分析仪、元素分析仪、酸度计、电导仪等仪器设备101台（套）。
（4）生态水利工程方面：模型试验区和水工模型大厅占地面积26万m2，主要建设水工模型试验区，湖区模型、枢纽模型、河口模型、河道模型以及生态鱼道模型等。
